Programın en temel amacı deniz ile ilgili olabilecek teknolojilere ilgili, bu teknolojileri anlayan, bu teknolojileri kullanıp yönetebilen, bu teknolojilerin üretimine katkıda bulunabilecek mühendisler yetiştirmektir. Bu bölümden mezun mühendisler aynı zamanda temel bilimlere, deniz bilimlerine, denizel ekosistemlere ve burada yaşayan tüm canlılara da son derece yatkın olarak yetişecektirler. Bu özellikleri onların hem içinde çalıştıkları ortam için üretecekleri teknolojiyi daha iyi anlamalarına imkan verecek hem de bu teknolojinin eksiklerini daha iyi görüp doğru şekilde tamamlama yönünde onlara ciddi katkılar sağlayacaktır. Aynı zamanda üretilen teknolojinin çevre dostu olması, çevrenin sorunlarını gidermesi, çevre ve canlılardan esinlenilerek doğru şekilde geliştirilmesi de bu programın amaçlarındandır.

Bu programın en önemli avantajı iş sahasının son derece önemli ve geniş olması ve bu iş alanında yönelik çok fazla nitelikli insan gücünün ülkemizde yetişmiyor olmasıdır. Bu bölümün mezunları, savunma sanayiden, açık deniz operasyonlarına kadar, su altı teknolojisinden yenilenebilir enerjiye kadar geniş ve son yıllarda çok büyük önem kazanan alanlarda hem istihdam açığını kapamaya yönelik hem de mevcut kalitenin arttırılmasına yönelik ciddi katkılar sağlayacaklardır.

Tüm bunlarla beraber bölüm mezunları, temel ve branşlaşmış mühendislik eğitimlerinin yanı sıra bu eğitimlerini kullanacakları ekosistemi, bu ekosistemde yaşayan canlıları, ortam ile canlılar arasındaki ilişki ve alışverişleri de ciddi düzeyde biliyor olacaklardır. Bu da bölüm mezunlarına çalışacakları ortamda önemli bir avantaj sağlayacağı gibi bu ekosisteme zarar vermeden nasıl çalışacakları konusunda da fikir sahibi kılacaktır. En büyük mühendisi doğanın kendisi olarak düşünürsek, bu bölümün mezunları da doğayı anlama, ondan esinleme ve onunla beraber çalışabilme kapasitesine sahip olacaklardır.

Bölüm mezunları "Deniz Teknolojisi Mühendisi" ünvanı alacaklardır.